『コペン』のトランスミッションは5速MTと電子制御4速ATの2種類。
MTは積極的なシフト操作をうながすショートストローク（20％）、2・3速には摩擦の少ないモリブデンコーティング・シンクロギアを採用、スムーズでクイックなシフトを可能にし、加速性能を重視した 専用クロスレシオ化。
ちなみにスーパー5MTと呼ばれている。
ギア比
１速＝3.181
２速＝1.842
３速＝1.250
４速＝0.916
５速＝0.750
5速MTモデルにはLSDをオプション設定。
スーパーLSDと呼ばれていて、GKN社（旧 栃木富士産業）がつくる差動トルクによりすぐに気効き始めるのが特徴のトルセンLSDに似ている。
海外では”Tochigi-Fuji Super LSD"
駆動力やエンジンブレーキ力がかかった時にかかるディファレンシャルのサイドギアを外側に押す力を摩擦板で受け止めることで作動するLSD。
駆動輪の片方が浮いたり氷の上に乗ったりして極端にグリップ力に差がでると効果が無くなってしまう。
エンジンルームからミッションケースを覗き込むとシールがみえるんだけど、そこの数字が「523」ならオープンデフで「524」ならLSD装着。
ちなみにスーパーLSDの品番は「41100-97220-」
4速ATはスーパーアクティブシフト付電子制御式4速オートマチックはESAT（イーサット）と呼ばれる。
ESATはEconomy & Smooth Automatic Transmissionの略である。
コンバーターの滑りを徹底調整し、加速感とダイレクト感を高次元で実現。
マニュアルモードの「スーパーアクティブシフト」はタイムラグはきわめてわずかで変速する。
4→3→2速の連続変速でも瞬時に応答しMT車に肉薄する変速フィールとなっている。
PRND配列のゲート式シフトレバーをDレンジからドライバー側に倒したところがマニュアルモードのMレンジとなっており、前に押すとシフトアップ、後ろに引くとシフトダウンが出来る。
ちなみにコペンでは全体の3割がMTを選んだ。
